Apteka Szpitalna, choć prawie niewidoczna, jest jedną z bardzo ważnych jednostek w strukturze  szpitala. Obecnie zatrudnia czterech magistrów farmacji, technika farmacji oraz pomoce apteczne.  Kierownikiem Apteki jest mgr farm. Krystyna Wróbel.

Do podstawowych zadań Apteki Szpitalnej należy zaopatrywanie oddziałów oraz pracowni i  przychodni przyszpitalnych w leki niezbędne w leczeniu pacjentów. Ponadto apteka dostarcza nici  chirurgiczne na bloki operacyjne, sprzęt dla pacjenta oraz wyroby medyczne. Personel apteki  wykonuje także leki złożone (recepturowe) zgodnie z indywidualnym zleceniem dla pacjenta. 

Do apteki trafiają również pacjenci indywidualni. Jest to grupa chorych zakwalifikowanych do Programów Terapeutycznych, którzy w aptece otrzymują niezbędne w terapii leki. 

Apteka Szpitalna to również miejsce, gdzie prowadzi się nadzór nad prawidłową gospodarką lekami. Personel apteki dba o jakość i sposób przechowywania leków w całym szpitalu, nadzoruje obrót  środkami odurzającymi i psychotropowymi oraz jest pierwszym miejscem gdzie trafiają informacje o  wstrzymanych i wycofanych produktach leczniczych mogących zagrażać zdrowiu i życiu pacjentów.